Ilmuwan Berhasil Pulihkan Data Virus Corona yang Dihapus Cina

PROHABA.CO - Sekitar setahun lalu, urutan genetik lebih dari 200 sampel virus dari kasus awal Covid-19 di Wuhan, Cina, menghilang dari pangkalan data (database) ilmiah online.

Sekarang, dengan me-rooting melalui fi le yang disimpan di Google Cloud, seorang peneliti di Seattle, Amerika Serikat, melaporkan bahwa ia telah memulihkan 13 dari urutan asli tersebut.

Informasi baru yang dipulihkan itu menarik untuk membedakan kapan dan bagaimana virus dapat menyebar dari kelelawar atau hewan lain ke manusia.

Dilansir New York Times, Rabu (23/6/2021), analisis baru yang dirilis pada Selasa, 22 Juni 2021 itu mendukung saran sebelumnya bahwa berbagai virus corona mungkin telah beredar di Wuhan sebelum wabah awal terkait dengan pasar hewan pada Desember 2019.

Penelitian ini tidak memperkuat atau mengabaikan hipotesis bahwa patogen bocor keluar dari laboratorium Wuhan.

Namun, temuan ini memicu pertanyaan baru, mengapa urutan asli virus corona dihapus.

“Ini adalah pekerjaan detektif yang hebat, dan ini secara signifi kan memajukan upaya untuk memahami asal usul SARSCoV- 2,” kata Michael Worobey, ahli biologi evolusi di University of Arizona yang tidak terlibat dalam penelitian ini.

Jesse Bloom, seorang ahli virologi di Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson yang menulis laporan baru itu menyebut penghapusan urutan ini mencurigakan.

Baca juga: Kasus Covid di Indonesia Jauh Lebih Banyak dari Data Resmi

“Sepertinya urutannya sengaja dihapus untuk mengaburkan keberadaannya,” tulis Bloom di makalah yang belum ditinjau sejawat atau diterbitkan dalam jurnal ilmiah.

Dr Bloom dan Dr Worobey termasuk dalam kelompok ilmuwan vokal yang menyerukan penelitian lebih lanjut tentang bagaimana pandemi ini dimulai.

Dalam sebuah surat yang diterbitkan pada bulan Mei, mereka mengeluh bahwa tidak ada informasi yang cukup untuk menentukan apakah kemungkinan kebocoran laboratorium menyebarkan virus corona atau virus itu menular ke manusia dari kontak dengan hewan yang terinfeksi di luar laboratorium.

Urutan genetik sampel virus memiliki petunjuk penting tentang bagaimana SARS-CoV-2 berpindah ke manusia dari hewan yang kemungkinan besar adalah kelelawar.

Hal yang paling berharga dari semuanya adalah urutan dari awal pandemi, karena mereka membawa para ilmuwan lebih dekat ke peristiwa penyebaran awal.

Pemulihan data Saat Dr Bloom meninjau data genetik yang telah diterbitkan oleh berbagai kelompok penelitian, ia menemukan sebuah studi Maret 2020 dengan spreadsheet yang mencakup informasi tentang 241 urutan genetik yang dikumpulkan oleh para ilmuwan di Universitas Wuhan.

Spreadsheet itu menunjukkan bahwa para ilmuwan telah mengunggah urutan ke database online yang disebut Arsip Baca Urutan (Sequence Read Archive), yang dikelola oleh Perpustakaan Kedokteran Nasional Pemerintah AS.

Baca juga: Dicurigai, Ada 50 Lab Rahasia di Cina Memproduksi Senjata Biologis

Namun, ketika Dr Bloom mencari urutan Wuhan di pangkalan data awal bulan ini, satu-satunya hasilnya adalah “tidak ada item yang ditemukan.

” Bingung, dia kembali ke spreadsheet untuk petunjuk lebih lanjut. Ini menunjukkan bahwa 241 sekuens telah dikumpulkan ilmuwan bernama Aisi Fu di Rumah Sakit Renmin di Wuhan.

Mencari literatur medis, Dr Bloom akhirnya menemukan penelitian lain yang diposting online pada Maret 2020 oleh Dr Fu dan rekan-rekannya, yang menjelaskan tes eksperimental baru untuk SARS-CoV-2.

Para ilmuwan Cina menerbitkannya di jurnal ilmiah tiga bulan kemudian.

Pasien dengan gejala ringan Covid-19 menjalani perawatan di sebuah pusat pameran yang diubah menjadi rumah sakit darurat di Wuhan, Hubei, Cina (17/2/2020).

Data hingga Rabu (19/2/2020), korban meninggal akibat Covid di Cina mencapai 2.000 orang setelah dilaporkan 132 kasus kematian baru.

Dalam penelitian itu, para ilmuwan menulis bahwa mereka telah melihat 45 sampel dari usap hidung yang diambil dari pasien rawat jalan dengan dugaan Covid-19 di awal epidemi.

Mereka kemudian mencari sebagian materi genetik SARS-CoV-2 di swab.

Para peneliti tidak memublikasikan urutan sebenarnya dari gen yang mereka ambil dari sampel.

Baca juga: Obat Antibodi Ganda Efektif Melawan Varian Virus Corona

Sebaliknya, mereka hanya terbitkan beberapa mutasi pada virus.

Namun, sejumlah indikator menunjukkan kepada Bloom bahwa sampel-sampel itu adalah sumber dari 241 urutan yang hilang.

Laporan-laporan itu tidak menyertakan penjelasan mengapa urutan-urutan itu diunggah ke Arsip Baca Urutan, tapi kemudian menghilang secara misterius.

Dengan meneliti arsip, Dr Bloom menemukan bahwa banyak dari urutan tersebut disimpan sebagai fi le di Google Cloud.

Setiap urutan terkandung dalam fi le di cloud dan semua nama fi le memiliki format dasar yang sama.

Dr Bloom menukar kode dengan urutan yang hilang dari Wuhan.

Tiba-tiba, dia memiliki urutannya. Dia berhasil memulihkan 13 urutan dari cloud dengan cara ini. Dengan data baru ini pula, Dr Bloom melihat kembali ke tahap awal pandemi.

Dia menggabungkan 13 urutan dengan urutan lain yang diterbitkan dari virus corona, berharap untuk membuat kemajuan dalam membangun silsilah keluarga SARS-CoV-2.

Mengerjakan semua langkah di mana SARS-CoV-2 berevolusi dari virus kelelawar menjadi tantangan karena para ilmuwan masih memiliki jumlah sampel yang terbatas untuk dipelajari.

Baca juga: Covid-19 di Wuhan Lebih Luas daripada yang Diperkirakan

Beberapa sampel paling awal berasal dari Pasar Grosir Makanan Laut Huanan di Wuhan, tempat wabah terjadi pada Desember 2019.

Namun, virus pasar itu sebenarnya memiliki tiga mutasi tambahan yang hilang dari sampel SARS-CoV-2 yang dikumpulkan beberapa minggu kemudian.

Dengan kata lain, virus-virus belakangan itu lebih mirip virus corona yang ditemukan pada kelelawar, mendukung gagasan bahwa ada beberapa garis keturunan awal virus yang tidak melewati Pasar Wuhan.

Dr Bloom menemukan bahwa urutan yang dihapus yang dia pulihkan dari cloud juga tidak memiliki mutasi tambahan tersebut.

“Mereka tiga langkah lebih mirip dengan virus corona kelelawar daripada virus dari pasar ikan Huanan di Wuhan,” kata Dr Bloom.

Ini menunjukkan, kata Bloom, pada saat SARS-CoV-2 mencapai pasar, sebelumnya ia telah beredar untuk sementara waktu di Wuhan atau sekitarnya.

Virus corona yang ada di Pasar Wuhan, menurutnya, tidak mewakili keragaman penuh virus corona yang sudah lepas pada akhir 2019.

“Mungkin gambaran kita tentang apa yang ada di awal di Wuhan dari apa yang telah diurutkan agak bias,” katanya.

Dalam laporannya, Dr Bloom mengakui bahwa kesimpulan ini harus dikonfirmasi dengan analisis yang lebih dalam dari urutan virus.

Dr Worobey mengatakan bahwa dia dan rekan-rekannya sedang mengerjakan studi skala besar gen SARS-CoV-2 untuk lebih memahami asal-usulnya dan mereka sekarang akan menambahkan 13 sekuens yang berhasil dipulihkan Dr Bloom. (kompas.com)